澎湖地區共有兩座官設城隍廟，因早期澎湖地區的發展集中在文澳一帶，但文澳地區腹地較小，發展有限，隨著媽宮（現今馬公）發展，清廷將澎湖廳署遷移至媽宮，建設媽宮城，也連帶設立了媽宮城隍廟，現為中華民國內政部訂定三級古蹟。
光緒年間法軍侵略澎湖，居民避難途中遭遇法軍炮火襲擊，人民只能祈求城隍爺保佑，當下落了一場大雨，導致法軍的炮彈不能爆炸，因此逃過一劫，清法戰爭議和後，清廷感觸城隍廟的神蹟，加封號為「靈應侯」，所以有「敕封靈應侯」匾額，掛于中亭廟內。後殿有光緒御賜「功存捍衛」匾額，匾額璽文有篆刻「光緒御筆之寶」。
城隍廟位置坐北朝南，依序為三川殿、拜亭、正殿，兩旁與廂房相連，形成口字型的配置，而進入三川殿最為引人注目的就是通判程邦基所贈的「你來了」和「悔者遲」二方警示匾。殿中左右梢間耳房門牆上各有「彰善」、「罰惡」兩字，奉祀著范、謝兩將軍和文武班頭。