貓嶼位於澎湖望安島西南方約16公里海面上，區域範圍包括兩座島嶼，因形狀像兩隻貓蹲伏而被稱大貓嶼和小貓嶼。島嶼主要是玄武岩組成，面積約10公頃。小貓嶼座落於大貓嶼東方，在退潮時有一海溝和大貓嶼相連。大貓嶼最高處79公尺，為澎湖島群中的最高點，北端的海崖有貫穿大貓嶼的巨大海蝕拱門，拱門出口在大貓嶼西邊海蝕洞，在退潮時才能看到全貌。


貓嶼行政區劃屬澎湖縣望安鄉，屬於無人島，是由大、小貓嶼和一些岩礁組成，遠觀像似兩隻貓俯臥在海面上，故而命名；海拔高度約為70-79公尺，是澎湖群島諸島中的最高點。

過去有軍方和漁民活動紀錄。澎湖縣政府於1991年將大、小貓嶼依《野生動物保育法》公告為貓嶼海鳥保護區，為臺灣第一個野生動物－貓嶼海鳥保護區，除陸域面積約10公頃外，保護區包括陸地向外延伸100公尺的海域部分，總面積達36.2公頃。貓嶼是亞洲最大的玄燕鷗繁殖地區，其他像白眉燕鷗、鳳頭燕鷗與蒼燕鷗也都會在島上繁殖。保護區嚴禁任意登島，但在夏季燕鷗繁殖季節在不可「以各式騷擾」前提下，仍可搭船至週邊海域欣賞。



大小貓嶼陸域面積約10公頃大小，地勢峻峭，四面都是陡岩峭壁，小貓嶼位在大貓嶼的東方，退潮時有一寬約10公尺的海溝相隔，在一側還有一海蝕平台，而周圍岩礁散布、海流湍急，船隻不易接近也不易通過。

 

該區域岩層上層皆由玄武岩構成，柱狀節理多呈彎曲狀；下層則由火山角礫岩組成，有著奇特壯觀的火山岩地質地形特色，另外貓嶼在民國80年（1991）公告、民國86年（1997）修正為全國第一處澎湖縣「貓嶼海鳥保護區」。

 

因列為澎湖縣「貓嶼海鳥保護區」，島上所棲息的鳥類眾多，根據已有記錄共有20幾科45-55種鳥類以上，玄燕鷗與白眉燕鷗最多，此外還有過境鳥、迷鳥等鳥類短暫棲息。每當3月至9月的鳥類繁殖季，成群的海鳥就在會這裡繁殖、覓食，數量高達上萬隻，群羽蔽空的場景令人讚嘆。

 

貓嶼列入「海鳥保護區」，一般遊客無法登島，只能進行島嶼週邊海域巡航欣賞，也禁止各種騷擾海鳥及破壞生態環境之行為；如需登島，必須申請核可，方可登島進行調查作業。