在潭門港旁，有座流線型的建築，豎立在望安的東南方；館內硬體設施很完善，館內目前分：綠蠵龜介紹區、龜與人生態展示區、海鳥介紹區以及南海旅遊介紹等。
在展示廳入口處有一特別的「好善堂」石碑，碑文記載著以前望安地區士紳為保護海龜、耕牛而募款，立碑明文以津貼獎勵居民矜憐生命、同時報請官府准以違者重罰，以示恩威並重。現在此碑文已成為早期先民對於海龜生態保育的重要見證。
進入館內，望安自然生態盡收眼底，燕鷗、保育生物紛紛登場。最重要的「綠蠵龜」，館內有各龜種的特徵辨別及分布環境等資訊介紹，及海龜與民間祈福活動「上元乞龜」、海洋生態、歷史文化皆可於館內了解。
中心的興建目的在於提供設備與資源，供學術單位進行駐站的研究工作，同時『綠蠵龜觀光保育中心』的設立，不僅為澎湖望安的綠蠵龜生態研究提供一處完美的研究站，且亦為一現地生態教育中心。
全館展示朝向環境型、情境式的設計概念出發，提供一處感性、知性兼俱的生態教育環境。透過生物的形體模型，結合與觀眾互動式操作，使學習充滿驚奇與滿足的樂趣，更能達到寓教於樂的功能。
【建議停留時間】 1.5小時