依據水仙宮廟史記載創建於清康熙三十五年（1695），是當時澎湖右營遊擊薛奎倡建。
水仙宮內祀奉大禹、伍員、屈原、項羽、魯班等五水仙尊王，俗稱水仙王。倡建後一直以來均為商賈祈求商船營運順利及漁民所敬拜。
由於臺廈商賈買賣往來日漸盛行，鄉里公益事務及迭有爭議糾紛，後由臺郊金利順、廈郊金長順合組而成，類似現在的商會組織，處理交換商務資訊、洽談買賣與辦理鄉里公益事務。澎湖行郊亦稱臺廈郊實，簡稱澎郊。創立年代未詳，最早推至清乾隆、嘉慶時已有紀載，約在同治、光緒年間為往來最尖峰時期。
當時興建水仙宮採用的建築材料和匠師，大多來自福建省東山，因此建築型式仍保有銅山地區的風格。由於在日治時期重修水仙宮，所以窗戶在設計上，採用和洋式上下拉窗，正面柱樑及壁面的施工，除了傳統匠師及材料使用外，也使用澎湖地區的洗砂頭（貝殼砂）施工法，做為仿石柱、壁面材料。
祭典：農曆10月10日
【建議停留時間】 1小時
水仙宮在光緒元年（1875）媽宮街商民鳩資修建充為臺廈郊會所，明治33年（1900）改稱為臺廈郊實業會館、昭和4年（1929）媽宮街商民發起改建成兩層樓建築，水仙諸王移祀二樓、一樓則作為店業承租，政府在民國74年（1985）11月27日明定水仙宮和臺廈郊為國定三級古蹟，目前依文資法改為縣定古蹟。