東吉燈塔建於東吉嶼北方的台地上，標高47公尺的高地，也是東吉全島最高點，是船隻行經黑水溝的重要指標。
明末清初臺灣與福建廈門往來頻繁，即所謂大移民潮，依據前人航海經驗，船隻由中國東南沿海出發必須向南，約到東吉島南側海域時，在藉夏天的南風或西南風向東北航行，往往需要航經東吉島南方海域，再藉西南或南風北上或冬東北航行，這時便會經過俗稱的黑水溝海域，並經西嶼和花嶼方能平安抵達澎湖或台灣。
早年發生於望安海域的船難事件，地點幾乎都在東吉嶼的四周，由於海難事件發生頻率高，使得不少船員和漁民聞之色變。
明治44年（1911年）興建花嶼燈塔，希望增加當地海域之航行安全。
東吉嶼燈塔的塔身最初是圓筒狀鑄鐵塔身。
為加強燈塔的守護功能，經過了歷次更換設備、翻修，多年來指引行駛船隻，減少許多海難事故。
資料來源：澎湖南方四島國家公園、澎湖縣政府旅遊處、2023攝影比賽一般組金牌照片
【建議停留時間】 0.5小時，看船家停留時間