湖孔廟的前身即是文石書院，而文石書院就是澎湖最早的文化教育濫觴，位於馬公市東郊，是清乾隆三十一年，第十八任澎湖通判胡建偉所創建。由於澎湖盛產文石，喻意書院作育英才如石紋之五彩繽紛，故名「文石書院」。日治時期，地方仕紳唯恐遭日人破壞改為孔廟，目前書院建築僅存登瀛樓，孔廟原址改建
直到民國88年，澎湖縣政府編列預算重新修建，成為今日樣式，因此目前又稱為「澎湖孔廟」。
進入孔廟大門，一眼就可看到圍牆邊高聳的不同石碑，新孔廟建築為清朝傳統形式，為標準中國風味的雙層閣樓；其中包括大城殿及東廡、西廡暨大成門、櫺星門及崇聖祠等等，保留傳統的建築風貌。