南方四島國家公園主要是由東嶼坪嶼、西嶼坪嶼、東吉嶼、西吉嶼及周邊島礁所組成,是生態旅遊重鎮,海底藏著一整片薰衣草森林秘境,紫色珊瑚礁佈滿海底,只要站在岸上就能看見,景象相當夢幻。
東嶼坪嶼
是澎湖火山熔岩最後形成的島,其海域擁有覆蓋率極高的珊瑚、海地生態豐富,還有未經過度開發的陸上,得以保留以玄武岩、珊瑚礁岩所建造的澎湖厝、菜宅,繁盛時期的洋樓建築。
島嶼聚落主要分佈在西方和西南方的凹地,房厝多為傳統閩式建築,由南到北沿著山丘避風處逆向而行,南北路塊邊坡都有佔地廣闊的菜宅、梯田,可以想像過去的農耕生活。
除此之外,於東嶼坪嶼的後山可見到許多玄武岩節理景觀,包含海蝕溝、海蝕柱、海蝕洞,以及因岩漿噴發冷卻時間不同,而形成的柱狀與板狀兩種節理的地質景觀。
西嶼坪嶼
位於東嶼坪嶼的西北方,為四角型的方山地形,因地形關係村落無法聚集於港口,因此選擇坡頂平坦處定居,由於島上也無避風山坳,所以聚落多聚集於台地低窪處。
從碼頭通往內陸聚落的道路,是一段約50公尺長的「好漢坡」,通過斜坡,可看到以硓𥑮石及玄武岩堆疊而成的澎湖傳統古厝。因村落多集中於南端,北端建置較少,因此地質景觀較南端豐富,可見到由大片礫石組成的海岸,並在礫石左側可見一「小鐵砧」嶼,遠眺還能見到頭巾嶼。
現在當地居民多已外移,多數民宅因年久而毀損,目前以「華娘廟」為保存最完整的建築,從金爐及廟宇建築設計中,可回溯當年的輝煌。
東吉嶼
又名東吉島,為台澎航道上的重要據點,自古為台澎海運貿易的轉運站,有「小上海」的稱號。日治時代為確保台澎佔領權,分別在島上南北兩端興建軍營及燈塔,並派兵駐守,控制鄰近海域,成為台澎間第一道的海上屏障,而建在北方的東吉燈塔同時也是全島的制高點。
當地居民於島上放牧羊群,爬上山坡可看見許多黑白相間的羊群低頭吃草休息,景色頗為愜意。
西吉嶼
又名西吉島,為台澎航道上的重要據點,因地處偏遠,交通不便,居民謀生困難,導致人口銳減,在1978年7月1日時政府輔導遷村,目前島上已廢村。著名景點有西吉藍洞,是澎湖獨有的透天海蝕洞,因無人為破壞,保留完整天然景觀。