瓦硐村清朝時期稱為「瓦硐港社」，日據時代分別稱作「瓦硐鄉（社）」及「瓦硐」，光復後才稱為瓦硐村。
因傳說張百萬孫子孫啟俸於明末清初時擔任官職且協助政府擊退海賊。在當時凡是官家，其居家屋頂時能使用半圓形瓦片，此瓦片於閩南發音稱作「瓦硐」，因而得名。當時張氏家族有數十艘大帆船與廣東、福建通商，家運極盛一時。
村內可見牛隻、牛車及傳統咾咕石厝，成為瓦硐村內重要歷史資源。
張百萬，來自福建同安來澎湖白沙鄉從漁獵到經商，發達富貴過程頗具民間傳說色彩。而其孫子獲有軍功，故雍正二年雍正皇帝誥贈，此一誥封金匣現存於白沙鄉瓦硐村張家宗祠，為澎湖民間至今所僅見的一塊誥封匾額。
而屋主張氏祖孫三代同受清帝封為「懷遠將軍」，今尚存有許多珍貴的文物。
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