澎湖地區在清朝共有兩座官設城隍廟，最早位於文澳地區的城隍廟，據說因為廟的西側，在雍正年間設置的海防巡糧補廳，為來澎任職官員履任時的報到官署，官員履任後一般除了祭拜地方神祇外，也有祭拜城隍爺的禮儀和風俗，因此建城隍廟殊為合理，後來因為光緒十三年興建光緒城（媽宮城）後，才移祀至媽宮城內現址，坐落在光明路上的媽宮城隍廟，由我國內政部訂定為三級古蹟(現依新制文化資產保護法已改為縣定古蹟)。
據說光緒年間法軍侵略澎湖時，居民避難途中遭遇法軍炮火襲擊，人民只能祈求城隍爺保佑，當下大雨磅礡，間接導致法軍的炮彈不能爆炸，因此逃過一劫，清法戰爭議和後，清廷鑒於城隍廟神蹟顯赫，因此加封號為「靈應侯」，後殿則有光緒帝御賜的「功存捍衛」匾，匾額璽文有篆刻「光緒御筆之寶」。
馬公市光明路上的城隍廟坐北朝南，依序為三川殿、拜亭、正殿，兩旁與廂房相連，形成口字型的配置，而進入三川殿最為引人注目的就是通判程邦基所贈的「你來了」和「悔者遲」二方警示匾。殿中左右梢間耳房門牆上各有「彰善」、「罰惡」兩字，奉祀著范、謝兩將軍和文武班頭。