水仙宮為澎湖四大古廟（天后宮、觀音亭、城隍廟、水仙宮）之一，創建於清康熙三十五年（1695）為澎湖右營遊擊薛奎建宮祀之。
內功奉五神像，分別是大禹、伍員、屈原、項羽、魯班等五水仙尊王，俗稱水仙王。為祈求商船營運順利，漁民所敬拜。
水仙宮往昔也稱為臺廈郊之會所，澎湖行郊亦稱臺廈郊實，簡稱澎郊。由臺郊金利順、廈郊金長順合組而成，類似現在的商會組織，交換商務資訊、洽談買賣與辦理鄉里公益事務。創立年代未詳，確定的是清乾隆、嘉慶年間已有紀載，而同治、光緒年間為業務往來繁盛時期。
水仙宮的建築材料和匠師，大多來自福建省東山，其建築型式仍保有銅山地區的風格。由於在日治時期重修水仙宮，所以窗戶在設計上，也採用了歐式上下拉窗，正面柱樑及壁面的施工，除了傳統匠師及材料使用外，也使用澎湖地區的洗砂頭（貝殼砂）施工法，做為仿石柱、壁面材料。目前列入國家三級古蹟。
祭典：農曆10月10日
【建議停留時間】 1小時