在潭门港旁，有座流线型的建筑，竖立在望安的东南方；馆内硬件设施很完善，馆内目前分：绿蠵龟介绍区、龟与人生态展示区、海鸟介绍区以及南海旅游介绍等。
在展示厅入口处有一特别的「好善堂」石碑，碑文记载着以前望安地区士绅为保护海龟、耕牛而募款，立碑明文以津贴奖励居民矜怜生命、同时报请官府准以违者重罚，以示恩威并重。现在此碑文已成为早期先民对于海龟生态保育的重要见证。
进入馆内，望安自然生态尽收眼底，燕鸥、保育生物纷纷登场。最重要的「绿蠵龟」，馆内有各龟种的特征辨别及分布环境等信息介绍，及海龟与民间祈福活动「上元乞龟」、海洋生态、历史文化皆可于馆内了解。
中心的兴建目的在于提供设备与资源，供学术单位进行驻站的研究工作，同时『绿蠵龟观光保育中心』的设立，不仅为澎湖望安的绿蠵龟生态研究提供一处完美的研究站，且亦为一现地生态教育中心。
全馆展示朝向环境型、情境式的设计概念出发，提供一处感性、知性兼俱的生态教育环境。透过生物的形体模型，结合与观众交互式操作，使学习充满惊奇与满足的乐趣，更能达到寓教于乐的功能。
【建议停留时间】 1.5小时