依据水仙宫庙史记载创建于清康熙三十五年（1695），是当时澎湖右营游击薛奎倡建。
水仙宫内祀奉大禹、伍员、屈原、项羽、鲁班等五水仙尊王，俗称水仙王。倡建后一直以来均为商贾祈求商船营运顺利及渔民所敬拜。
由于台厦商贾买卖往来日渐盛行，乡里公益事务及迭有争议纠纷，后由台郊金利顺、厦郊金长顺合组而成，类似现在的商会组织，处理交换商务资讯、洽谈买卖与办理乡里公益事务。澎湖行郊亦称台厦郊实，简称澎郊。创立年代未详，最早推至清乾隆、嘉庆时已有纪载，约在同治、光绪年间为往来最尖峰时期。
当时兴建水仙宫采用的建筑材料和匠师，大多来自福建省东山，因此建筑型式仍保有铜山地区的风格。由于在日治时期重修水仙宫，所以窗户在设计上，采用和洋式上下拉窗，正面柱梁及壁面的施工，除了传统匠师及材料使用外，也使用澎湖地区的洗砂头（贝壳砂）施工法，做为仿石柱、壁面材料。
祭典：农历10月10日
【建议停留时间】 1小时
水仙宫在光绪元年（1875）妈宫街商民鸠资修建充为台厦郊会所，明治33年（1900）改称为台厦郊实业会馆、昭和4年（1929）妈宫街商民发起改建成两层楼建筑，水仙诸王移祀二楼、一楼则作为店业承租，政府在民国74年（1985）11月27日明定水仙宫和台厦郊为国定三级古迹，目前依文资法改为县定古迹。