从湖西乡的沙港村或北寮村等港口出发，位于北寮村东北方约4公里的海面上，有两个方山台地的岛屿，四周海崖的玄武岩柱状节理分明，退潮时这两个岛可以相连，原本这两个岛屿是一熔岩台地，约诞生于1200万年前，由于激烈的海蚀作用才分割成大、小两个岛屿。在这两个岛屿的玄武岩中均含有橄榄石团块，可知当时熔岩是来自地底较深处。



大鸡善屿的东、南、西边皆可以看到海蚀洞、海蚀沟等地形，东南方则有一处浅水沙滩。小鸡善屿是典型的玄武岩方山小岛，长短高低、参差不齐的柱状玄武岩屹立海中，有如一座超大的管风琴矗立碧海蓝天中，六角形的节理面、棱角分明、铿锵有力，是莅澎赏岩、赏鸟的最著名景点。



夏季时，来鸡善屿繁殖的红燕鸥数量居北海之冠，每年都有一、两千只选择在岛上栖息。近年来，澎湖县野鸟学会在鸡善屿进行系放研究时，根据红燕鸥脚上的足旗得知，这些红燕鸥是来自澳洲的东北方。同样地，澳洲在冬季的系放工作也发现来自澎湖的红燕鸥，而且十多年前澎湖鸟会系放的红燕鸥，也再回到了澎湖繁殖。可见红燕鸥每年春、秋两季便会千里迢迢的往返于澎湖与澳洲之间。



保护岛屿景观，也是保护野生动物的最好方法，近年来随着观光的发达，鸡善屿已成为东海旅游的新据点，玄武岩与燕鸥的对话，就如同一幅和谐的大自然景象。