瓦硐村清朝时期称为「瓦硐港社」，日据时代分别称作「瓦硐乡（社）」及「瓦硐」，光复后才称为瓦硐村。
因先民于明末清初时即开始作官，有数十艘大帆船与广东、福建通商，在当时凡是官家或富贵人家，其居家屋顶都盖有弧形琉璃瓦片，此种琉璃瓦片于闽南发音称作「瓦硐」，因而得名。
村内可见牛只、牛车及传统咾咕石厝，成为瓦硐村内重要历史资源。
张百万，澎湖白沙乡商人，发富过程颇具民间传说色彩。而一子孙起事获有军功，故雍正二年雍正皇帝诰赠，此一诰封金匣现存于白沙乡瓦硐村张家故宅，为澎湖民间至今所仅见的一块诰封匾额。
而屋主张氏祖孙三代同受清帝封为「怀远将军」，今尚存有许多珍贵的文物，是澎湖仅见的古代巨宅。
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