澎湖孔庙的前身就是兴设完工于乾隆三十二年（1767年）的文石书院，因澎湖盛产文石，文石书院名称据此而来。历经清代数次整增建及移祀魁星神后，约在嘉庆二十年（1815年）时已成为四进式院舍，目前仅存已列为历史建筑的魁星楼（后改称登瀛楼）。
文石书院嗣后在1895年时，地方人士为保存中华文化将书院改建为澎湖孔庙。
澎湖孔庙坐落在今马公市新生路澎湖生活博物馆旁。
里面祀奉了魁星之神，所以又叫「魁星楼」，后来又经历任数次重修移建。
民国88年，澎湖县政府编列预算，至民国91年重建完工为现在型式。
参访澎湖孔庙(文石书院)，规设置于围墙边的各类石碑群，是值得赏阅的焦点，可惜施琅靖台碑文字已遭磨平，其他如文石书院碑记、文石书院旧门额、各类重修建碑记等，都可以了解文石书院到澎湖孔庙的前世今生。目前澎湖孔庙的建筑为清朝传统文庙型式，为标准中国风味的双层阁楼；其中包括大成殿及东庑、西庑暨大成门、棂星门及崇圣祠等。
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