菜园湿地位在马公内港东北岸的湾底，北临205号公路旁的双湖园及兴仁水库，东至201号公路旁之兴仁进士第，西至菜园生命纪念公园，南至菜园鱼塭之潮间带。
日领时期，菜园里东侧沿岸已筑有鱼塭；1945年后，鱼塭范围逐渐扩大；1971年，鱼塭停止养殖后，这片湿地成为鸟类过境、度冬、迁移的最佳场所。
而附近的菜园渔港旁有业者，可带游客到内海观赏箱网养殖和牡蛎，甚至钓花枝、喂海鲡，海岸边则有防风林、堤岸，设定解说牌，可在这带漫步赏鸟观海，颇为惬意。
湿地现况有「兴仁水库及造林区、双湖园及红树林湿地、菜园鱼塭区、菜园潮间带海岸区」，该湿地为马公市区最适合生态游览与户外教学的地点。该湿地含盖自然雨仁照的多样性湿地型态，海域辽阔，面积广大，且具马公市区中心近，交通便利，已具有国家及湿地公园的规模与条件。