澎湖県の海苔養殖の普及を目的に1969年に設立された「澎湖県藻類種苗育成センター」を前身にして1988年に「澎湖県水産種苗繁殖場」が設立されました。2011年には改築として「種苗生産・海洋生態教育棟」の建設および関連工事が行われました。1階は種苗生産ゾーン、2階は見学ゾーン、3階は事務所および展望ゾーンになっています。各種海水魚、エビ、カニ、海苔、トコブシなどの貝類の繁殖・養殖・放流業務を行うことにより、澎湖県の水産資源の拡大および澎湖県の養殖漁業発展の促進が期待されています。
2階は珊瑚移植ゾーンおよび水槽展示ゾーンを含む長さ108メートルの見学通路があります。一般市民や学生にも開放されており、ガイドによる解説や見学通路に設けられている説明書きを参考にして種苗の育成・生産の状況や海洋生態保全の考え方を学べるようになっています。種苗場の西側は澎南嵵裡地区の海に面しているため、3階には事務室のほかに展望施設が設置されており、観光客が休憩したり景色を楽しんだりできるようになっています。
澎湖県水産種苗繁殖場は各種水産種苗の孵化、育成および放流の作業をまとめて管理しており、現在は次の種苗の育成が行われています。
稚魚の飼育：ヘダイ、マダイ、クロダイ、ハタ、ハマフエフキ、スギ、イサキなど
貝類の飼育：トコブシ、ギンタカハマ、バイなど
エビ類の飼育：ウシエビなど
カニの幼生の飼育：タイワンガザミなど
大型経済藻類：海苔、ムカデノリ、トゲキリンサイ
その他：サラサバテイ、珊瑚
【見学時間の目安】2時間