洪根深（1946年～）は湖西郷鼎湾村出身の台湾で有名な現代水墨画家です。国立台湾師範大学美術学部卒業後、帰郷して馬公中学校で1年間教鞭を取った後、高雄に移り住み、前後して大仁中学校、高雄高等学校、国立高雄師範大学で教員を務めました。現代水墨画の創作によって代表的な重要芸術家になり、また、台湾南部の現代アート運動に身を投じ、大きな影響を及ぼしています。
その傑出した芸術の成果と貢献を表彰するため、澎湖県は歴史的建造物を利用して洪根深美術館を設立しました。また、蕭瓊瑞氏をキュレーターに招き、「芸術家の洪根深」、「芸術運動家の洪根深」、「芸術教育家の洪根深」を美術館開館展示の三大方向性としました。この美術館が国内で重要な水墨画の拠点となることを期待し、継続的に現代水墨芸術の発展を後押ししています。
美術館がある場所は清代の台湾府台湾県澎湖巡検司水師副将公署（協鎮署）、後の澎湖通判衙門がおかれていました。日本統治時代にはこの地に「澎湖島憲兵分隊」がおかれました。また改築が行われ、現在の文化創造センター、剣撃室、馬小屋、和室などは同時の建物です。
戦後は澎湖防衛司令部運輸部が使用しました。1958年、澎湖防衛司令部馬公港指揮部に改編されました。
1995年、2棟の和風宿舎が取り壊され、鉄筋コンクリート造りの2階建ての建物（現在の敷地内後方の「寝室棟」）が建てられました。
2002年、澎湖県が歴史的建造物に指定しました。