菜園湿地は馬公内港の北東岸の湾の底にあります。県道205号線沿いの双湖園と興仁池を北に臨み、東には県道201号線沿いの興仁進士第、西には菜園生命紀念公園、南には菜園養殖池の潮間帯があります。
日本統治時代にはすでに菜園里の東部沿岸に養殖池がありました。1945年以降、養殖池の範囲は徐々に拡大していきましたが、1971年に養殖池での養殖が停止されています。この湿地は渡り鳥にとって通過、越冬、移動の最適の場所になっています。
近くの菜園漁港のそばには観光客を内海に案内し、養殖生け簀（いけす）や牡蠣の見学、イカ釣り、スギへの餌やりの体験サービスを提供している業者があります。海岸には防風林、堤防があり、解説のための銘板も設置されており、心地よくのんびりと散策しながら鳥や海を観賞することができます。
現在、湿地は「興仁池・造林ゾーン」、「双湖園・マングローブ湿地」、「菜園養殖池ゾーン」、「菜園潮間帯海岸ゾーン」で構成され、馬公市域で生態見学や屋外教室に最も適した場所とされています。この湿地には天然の雨が育んだ多様な湿地の形態があり、海域が広く、面積が大きいうえ、馬公市の中心部近傍でアクセスが良く、すでに「国レベルで重要な湿地」の規模と条件を備えています。